明代李时珍所著的《本草纲目》记载了1800多种药物，方剂1万多个,全面地总结了16世纪以前的中国医药学，被称为“东方医药巨典”，它对所收芝类做了总结，记载了青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝等六种灵芝，每种均按释名、集解、正误、修治、气味、主治、附方等项详加注解。李时珍在《本草纲目》中对按“五色”、“五行”区分灵芝气味的观点提出了不同的看法，认为“五色之芝，配以五行之味，盖亦据理而已，未必其味便配五色也”。更对于古人对灵芝的迷信、肓目崇拜提出了批评，指出：“芝乃腐朽余气所生，正如人生瘤赘。而古今皆为瑞草，又云服食可仙，诚为迂谬。”
《本草纲目》记载，灵芝“苦、平、无毒、益心气、人心充血、助心充脉、安神、益肺气。补中、增智慧、好颜色、利关节、坚筋骨、祛痰、健骨、行血。”
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